一、整合提起異議與舉發事由而廢除異議程序
　現行本法關於專利之公眾審查區分為核准審定後領證前之異議制度及領證後之舉發制度。由於異議爭訟曠日費時，以致有無專利權之爭議遲遲無法確定，或常有藉異議程序阻礙專利權人領證之情事，對於專利權人之保護，實顯不周。況我國現行舉發程序，對於得提起舉發與得提起異議之法定事由大致相同，且二者所踐行之程序，並無二致，對之不服者，所能提起之行政救濟程序亦完全相同，實無併存之必要。爰整合提起異議與舉發之法定事由，將現行條文第四十一條刪除，異議程序廢除，使得提起異議事由納入舉發事由中，以保留原有公眾審查之精神，達到簡化專利行政爭訟層級，使權利及早確定。

二、修正核發專利權之時點
依現行本法關於專利申請案經核准後，需俟公告後三個月無人異議或異議不成立審查確定後，始取得專利權。此種領證前之異議制度，使申請人遲遲無法領證，迭遭質疑，國際立法趨勢上已多不採用。爰明定申請案一經審定即可繳納規費，取得專利權。

三、刪除專利物品之標示及刑罰規定
現行本法規定專利權之標示不得逾越專利權之範圍，對於非專利物品或非專利方法所製物品，不得附加請准專利字樣或讓人誤為已准專利之標示；如有違反，應負刑事責任。惟專利物品應如何標示，其標示是否確實，有無欺騙行為或致損害於他人，刑法、公平交易法及民事侵權等現行法律之規範已足資適用，爰刪除現行條文第八十三條及第一百三十條。

四、增訂涉侵權訴訟之舉發案專利專責機關得優先審查
保障專利權人合法權益，有關於專利專責機關審查中之舉發案，如知有提起專利侵權爭端訴訟案，為使涉訟二造糾紛儘早解決，有必要使舉發案早日審查確定，爰增訂涉有侵權訴訟之舉發案，專利專責機關得優先審查。（修正條文第九十條）

五、新型專利改採形式審查制
參考世界主要國家新型專利審查制度，均將技術層次較低之新型專利，捨棄實體要件審查制，改採形式審查，以達到早期賦予權利之需求，爰參考修正之。

六、增訂新型專利技術報告
由於新型專利改採形式審查，未對其新穎性及進步性進行實質審查，導致新型專利權之權利內容有相當之不安定性及不確定性，爰參考外國立法例，引進新型專利技術報告制度，任何人於新型專利公告後均可向專利專責機關申請新型專利技術報告。另為防止新型專利權人利用此制而濫用行使權利，對第三人技術利用及研發帶來相當大之危害，爰參考國際立法例，新型專利權人於行使權利前，應提示由專利專責機關所作成之新型專利技術報告。

七、廢除新型專利及新式樣專利之刑罰規定
現行本法業將侵害發明專利權除罪化，卻仍維持侵害新型、新式樣專利之刑事責任，屢遭批評，咸認侵害技術層次較高之發明專利無刑事責任，侵害技術層次較低之新型、新式樣專利，反科以刑事責任，顯有輕重失衡之不合理情況。再以本次修正，新型專利已改採形式審查，對於僅經形式審查之新型專利權，是否合於取得專利權之實質條件，並不確定，如仍採取刑事罰，以國人習慣以刑逼民之作法，易對被告造成無法彌補之傷害，爰將侵害新型、新式樣專利權，均予廢除刑罰，完全回歸民事解決，以解決現行本法輕重失衡體例不一之狀況，並避免將來專利權人動輒發動刑事程序影響企業之發展，爰刪除現行條文第一百二十五條、第一百二十六條、第一百二十八條及第一百二十九條。