原則上，我國電子簽章法盡量賦予電子文件與紙本書面相當之法律效力，但對於性質有特殊考量或目前尚不宜適用之應用項目，各目的事業主管機關除可以援用「相對人同意」條款拒絕電子文件之使用外，對於各目的事業主管機關非相對人之情形，電子簽章法第四條第三項亦授權各目的事業主管機關對於經檢視斟酌後認為即便經相對人同意亦不得適用電子文件之項目，得以法令或公告之方式逕行排除電子簽章法第四條第一、二項規定之適用。電子簽章法為此種授權，乃為藉此保留電子簽章法適用上之彈性，使得相關應用層面得以循序漸進地拓展，避免法制實施後產生之衝擊過大。